為因應武漢肺炎疫情，採取預防措施與應變對策，衛生福利部疾病管制署1月20日宣布成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，「本縣嚴重特殊傳染性肺炎流行疫情應變指揮中心」也在1月21日16時開設。縣長楊文科表示，本縣11間醫院均已完成整備，醫院與衛生局防疫物資均符合疾管署規定之安全庫存量。針對春節假期，各醫院已建立緊急醫療聯繫窗口，同時請衛生局規劃值班人員及防疫專線03-5511287，供假日與春節期間相關諮詢與利用
衛生局業於1月16日辦理疫情整備說明會，邀請消防局、本縣各醫院及衛生所防疫共商應變整備事宜，律定本縣通報個案處置、接觸者追蹤管理與醫療院所收治等事宜。如14日內有來自武漢地區民眾出現發燒(≧38℃)且有呼吸道症狀，或來自中國大陸後咳嗽且同時合併呼吸急促或困難或臨床、放射線診斷有肺浸潤或病理學上顯示肺炎之民眾，將安排收置負壓隔離病房隔離並採檢送驗，隔離治療費經醫師提供建議單後，將由疾管署支付，請民眾安心接受診治。
民眾如有武漢或中國大陸旅遊或返台後，萬一出現發燒及咳嗽、流鼻水、喉嚨痛等上呼吸道症狀時，請主動戴上口罩，避免再與人群接觸，直接前往本縣東元綜合醫院、台大竹東分院及北榮新竹分院這三家有負壓隔離病房的醫院。如無有武漢或中國大陸旅遊史的民眾，可至其他醫院就醫。就醫時，請主動告知醫師相關旅遊史（武漢、中國大陸）、職業史（是否為大眾運輸、旅遊業、醫護相關人員、禽鳥動物相關人員等）、接觸史（是否曾去過華南海鮮市場、武漢地區醫院）與群聚史（身邊家人朋友有無相關症狀與診斷），以利醫護人員診治。